​Der MDK Nord hat bei der Begutachtung in Kliniken keinen Kontakt zu Versicherten. Das SGB V hat den MDK die Aufgabe übertragen, rückwirkend die Kodierung von Krankenhaus-Leistungen im DRG-System zu prüfen. Dazu wird der MDK Nord von den Krankenkassen beauftragt. In zunehmendem Maße beauftragen die Krankenkassen den MDK Nord auch mit der Begutachtung von Qualitätsaspekten in Kliniken.
So prüfen die MDK Nord-Gutachter die Notwendigkeit und die Dauer der stationären Behandlung im Einzelfall zu überprüfen. Dabei geht es zum Beispiel um Fragen wie:

​Die Gutachter prüfen angesichts der Menge an Klinikbehandlungen nur ausgewählte Einzelfälle und deren erfolgte Kodierung. Den Bestimmungen des SGB V folgend, kann der MDK Nord nach Aktenlage begutachten oder in der Klinik direkt. Der MDK Nord prüft seit Jahren rund 70 Prozent aller Fälle vor Ort in der Klinik. Das ermöglicht beiden Seiten eine zügige und unkomplizierte Bearbeitung; Fragen können im direkten Gespräch mit den Klinik-Mitarbeitern geklärt werden.
Außerdem kann der MDK Nord auf Antrag aller Krankenkassen oder der Krankenkassen-Landesverbände Stichproben begutachten. Anhand einer repräsentativen Zufalls-Stichprobe können so ganze Abteilungen, Leistungsgruppen oder Krankheitsgruppen überprüft werden.

Grundlage: Krankenhausfinanzierungs-Gesetz (KHG) § 17 c

Krankenhaus-Leistungen werden seit 2004 nach dem DRG-System bezahlt. Das bedeutet, dass die Krankenkassen nicht mehr für belegte Betten und Belegungstage, sondern nur noch für Diagnosen und Leistungen nach dem System der Diagnosis Related Groups (DRG) zahlen. Damit wird die Vergütung der stationären Behandlung pauschaliert. Die diagnosebasierte Eingruppierung beruht auf der Erkenntnis, dass 80 Prozent aller Krankheiten mit vergleichbarem Aufwand therapiert werden. Es gibt mehr als 1000 Fallgruppen. Mit Einführung der DRG wurde in Deutschland ein grundlegend neues Abrechnungssystem für Krankenhäuser etabliert.
Die MDK Nord-Gutachter überprüfen die Qualität und Korrektheit der Eingruppierung, der  „Kodierung“. Der Gesetzgeber überträgt damit den MDK eine maßgebliche Rolle, die Qualität der Leistungserfassung bei der stationären Behandlung zu beurteilen. Damit diese Begutachtung effizient funktioniert, werden Fachärzte regelmäßig geschult und modernste Technik mit speziell entwickelten Programmen eingesetzt.

​Im DRG-System werden stationäre Behandlungsfälle anhand bestimmter Kriterien wie Diagnose, Operation/Prozedur und Alter zu Fallgruppen zusammengefasst, die medizinisch ähnlich und hinsichtlich des Behandlungsaufwands vergleichbar sind. Grundsätzlich wird dabei angenommen, dass der durchschnittliche Aufwand aller Krankheiten, die im Krankenhaus behandelt werden, den Wert 1 haben.
Ist der Aufwand einer Krankheitsgruppe weniger als der Durchschnitt, beträgt sein Relativgewicht weniger als 1 (zum Beispiel 0,732), ist er höher, so nimmt das Relativgewicht einen höheren Wert als 1 an (zum Beispiel 2,789). Für jedes Krankenhaus gibt es einen Basisfallpreis (rund 2.900 €), der pro Behandlung mit dem Wert des Relativgewichtes der entsprechenden Krankheitsgruppe multipliziert wird und den Preis für die Krankenhausbehandlung abbildet. Die Höhe des Relativgewichtes hängt entscheidend davon ab, welche Hauptdiagnosen, Nebendiagnosen  und Prozeduren vom Krankenhaus kodiert werden.
Eine Zuordnung eines Behandlungsfalls zu einer DRG anhand von Diagnosen und Prozeduren  erfolgt mit einer speziellen Software und heißt "Groupen". Die Krankenhäuser müssen die Diagnosen einschließlich der Komplikationen und Begleiterkrankungen sowie die Behandlungsmaßnahmen exakt verschlüsseln. Dieser Vorgang wird Kodierung genannt und stellt die zentrale Abrechnungsgrundlage mit den Krankenkassen dar. Die Kodierung erfolgt nach jährlich festgelegten Kodierrichtlinien unter Verwendung international üblicher Diagnoseschlüssel. Mit Hilfe der Software, dem Grouper, erfolgt die Fallzuordnung zu einer DRG.
Die Relativgewichte kalkuliert das Institut für das Entgeltsystem im Krankenhaus (InEK), das eigens zu diesem Zweck eingerichtet wurde, mit dem DRG-Katalog jedes Jahr neu.

Der MDK Nord beurteilt Behandlungsfälle im Krankenhaus, die von den Krankenkassen im Einzelfall als auffällig identifiziert wurden. Dabei spielt die sogenannte „primäre Fehlbelegung“ eine große Rolle. So werden Leistungen bezeichnet, die auf den Stationen einer Klinik statt – günstiger und ausreichend – auch ambulant hätten erbracht werden könnten.
Denn die krankheitsgerechte Versorgung des Patienten ist nicht grundsätzlich an eine stationäre Krankenhausbehandlung gebunden. Definierte Leistungen, die vom Krankenhaus auch stationär erbracht werden, können vom Krankenhaus auch stationsersetzend erbracht werden. Diese Leistungen sind  im Katalog stationsersetzender Leistungen nach § 155b SGB V abschließend zusammengefasst. Wenn es die Art und Schwere der Erkrankung zulässt, können die erforderlichen diagnostischen und therapeutischen Maßnahmen auch durch die niedergelassenen Ärzte erbracht werden. 
Von einer „sekundären Fehlbelegung“ spricht man, wenn die Dauer der stationären Behandlung nicht nachvollziehbar ist. Also wenn die Klinik den Versicherten früher aus der stationären Versorgung in eine ambulante Behandlung oder in eine Rehabilitation entlassen könnte.
Auch durch die Stichprobenprüfungen stellt der MDK Nord sicher, dass keine Behandlungsfälle ins Krankenhaus aufgenommen werden, die nicht stationär behandelt werden müssen. ​

Nicht bei jeder Operation ist es medizinisch notwendig, dass Versicherte längere Zeit im Krankenhaus bleiben müssen. Das Gesundheitsstrukturgesetz (GSG) von 1993 hat die Öffnung der Krankenhäuser für ambulante Operationen eingeleitet. Nicht notwendige vollstationäre Krankenhausbehandlungen sollen vermieden, eine wirtschaftliche und patientengerechte Versorgung gesichert und die Zusammenarbeit von niedergelassenen Ärzten und Krankenhäusern verbessert werden.

Ambulante Operationen erfolgen in der Regel auf Überweisung eines niedergelassenen Arztes. Er stellt der Klinik die entsprechenden Unterlagen zur Verfügung, um unnötige Doppeluntersuchungen zu vermeiden. Das Recht des Patienten auf die freie Arztwahl gilt auch für ambulante Operationen. Die Kassenärztliche Bundesvereinigung, die Spitzenverbände der Krankenkassen und die Deutsche Krankenhausgesellschaft haben einen Katalog ambulant möglicher Operationen sowie Maßnahmen zur Qualitätssicherung vereinbart. Er wird regelmäßig aktualisiert.

Zusätzlich dürfen die Krankenkassen mit Krankenhäusern Verträge zur Erbringung hochspezialisierter ambulanter Leistungen vereinbaren. Dabei handelt es sich um die Behandlung seltener oder schwerer Erkrankungen wie bei Krebs- oder Aidspatienten.